中国水产科学研究院黄海水产研究所构建的全球首个海洋硬骨鱼类综合功能与进化基因组数据库MFDB正式上线

近日，中国水产科学研究院黄海水产研究所陈松林院士团队在Nucleic Acids Research在线发表了题为“MFDB:acomprehensive database for marine fish functional genomics and evolutionary genomics”的研究成果。团队构建了全球首个海洋硬骨鱼类的综合功能与进化基因组数据库MFDB（Marine Fish Database，http://marinefishdb.cn），系统整合了多组学数据与智能分析工具，为海洋鱼类基础研究、适应性进化解析和分子育种提供了强有力的数据支撑与平台保障。

海洋鱼类是全球生物多样性的重要组成部分，也是支撑全球水产养殖和水产品供给的核心类群。近年来，高通量测序技术飞速发展，海洋鱼类基因组与转录组数据呈井喷式增长，为解析生长、抗病、抗逆等关键性状的遗传基础带来了前所未有的机遇。然而，面对巨大且快速增长的测序数据量，海洋鱼类尚缺乏统一的综合性基因组数据平台。现有数据分散于NCBI、Ensembl等不同公共数据库，格式不一、标准各异，且多数平台仅聚焦于单一组学层面，难以满足跨物种、跨组学的系统比较与深度挖掘需求。这一“数据孤岛”现象严重制约了海洋鱼类功能基因组学、进化生物学研究及相关分子育种技术的发展。

针对上述瓶颈，团队成功构建了MFDB数据库。作为首个面向海洋硬骨鱼类的多组学整合数据库，MFDB系统整合了来自89个海洋鱼类物种的染色体级别基因组（涵盖辐鳍鱼纲33个目，占已知总目数的47.8%）及其3,017套高质量转录组，数据覆盖了广盐性（Euryhaline）和狭盐性（Stenohaline）两大类群。同时，对231万余个基因进行了统一的功能注释，整合了NR、Swiss-Prot、KEGG、GO、Pfam等多个权威数据库，构建了标准化的基因功能注释体系，大幅提升了数据的可用性与可比性。

不同于传统数据库仅提供数据检索与下载，MFDB内置了多个特色分析模块，包括泛基因集（Pan GeneSet）与核心基因集（Core GeneSet）、组织特异性基因共表达网络、微共线性（MicroCollinearity）与宏共线性（MacroCollinearity）分析、系统发育树与核心基因系统发育。MFDB采用模块化架构设计，包含基因组（Genome）、共线性（Synteny）、转录组（Transcriptomics）、检索（Search）、序列比对（BLAST）、工具集（Tools）六大核心板块，以及下载（Download）与帮助（About）两大辅助单元。平台兼容多种主流浏览器，无需注册即可免费访问，并集成了JBrowse2、Muscle、Primer3、GeneWise、Lastz、Clustal Omega等多种常用生物信息学工具，真正实现“一站式”数据分析。

MFDB数据库结构和web界面的特点概述

MFDB的建成与开放共享，为海洋鱼类基因功能解析、调控网络构建、适应性进化机制研究提供权威数据资源；通过跨物种比较基因组学分析，揭示硬骨鱼类辐射进化与生态适应的遗传基础；为生长、抗病、抗逆、性别决定等重要经济性状的基因挖掘与分子标记开发提供高效平台，加速良种选育进程。

标准化生物信息学分析工具集

黄海所博士后高成斌为论文第一作者，陈松林院士为论文通讯作者，本研究得到了国家农业生物育种重大项目、山东省重点研发计划住鲁院士团队支持项目、山东省泰山学者攀登项目、国家海水鱼产业技术体系半滑舌鳎种质创制与良种培育岗位经费、中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金等项目的资助。

论文信息：Chengbin Gao, Ming Li, Sheng Lu, Songlin Chen, MFDB: a comprehensive database for marine fish functional genomics and evolutionary genomics, Nucleic Acids Research, 2026, gkag844,

本文来源：中国水产科学研究院黄海水产研究所