世和基因联合西安交大推出新模型!降低测序成本、突破样本限制!
拷贝数变异(CNV)是驱动肿瘤发生发展的关键基因组变异,也是精准诊疗、靶向用药的重要依据。在临床靶向测序检测中,受批次效应、测序波动、样本质量差异等影响,无匹配对照样本下的 CNV 精准检测一直是行业共性难题。
近日,西安交通大学王嘉寅、王旭文教授团队与世和基因达成产学研合作,成功开发PScnv 个性化自标准化 CNV 检测模型,相关研究成果发表于生物信息学权威期刊《Bioinformatics》(IF=5.4),为临床肿瘤基因检测提供更高效、更可靠的新方案。

核心突破:无需配对对照,实现高精度 CNV 检出
PScnv 模型创新采用个性化自标准化策略,依托预建正态样本库,并自动识别样本内 “稳定染色体” 作为动态内参,可有效抑制系统噪声、校正样本特异性偏差,从源头降低检测误差。
与传统方法相比,PScnv 实现三大关键突破:
- 无需匹配对照样本,大幅降低测序成本与样本要求;
- 自动降噪、动态校正,显著提升低肿瘤纯度样本稳定性;
- 关键靶点检出性能优异,在 ERBB2 等位点实现 100% 检测一致性。

PScnv算法整体流程图
临床验证:关键指标超越行业主流工具
研究团队基于3000 例模拟 CNV 事件与139 例中国癌症临床样本(含肺癌、乳腺癌、结直肠癌等),以 FISH 为金标准开展全面验证。结果显示:
ERBB2 F1 分数:1.00 MTAP F1 分数:0.88 MET F1 分数:0.81 
在无匹配对照设置下,PScnv在MET、ERBB2、MTAP三个基因位点的检测性能与其它工具的对比

在匹配对照设置下,PScnv在MET、ERBB2、MTAP三个基因位点的检测性能与其它工具的对比
在与 CODEX2、CNVkit、FACETS 等行业主流工具的对比中,PScnv 在灵敏度(0.864)、特异性(0.877)及精确度(0.864)等核心指标全面领先,整体鲁棒性更适配复杂临床场景。

PScnv与其他CNV检测工具的总体性能指标汇总
临床价值:降低门槛,推动精准检测规模化普及
PScnv 模型有效解决了穿刺样本稀缺、对照样本缺失、检测成本偏高等临床痛点,可广泛应用于肿瘤靶向用药指导、预后评估、疗效监测等场景,显著提升 CNV 检测在临床的可及性。
此次合作是高校算法创新 + 企业临床转化的典型范式。世和基因作为国家专精特新 “小巨人”、肿瘤精准医学龙头企业,持续布局 NGS 临床转化与多组学技术创新,已拥有多项获国家药监局批准的检测试剂盒,并通过 CAP、CLIA、ISO15189 等多重国际认证,累计超 600 次通过国内外权威室间质评。

未来,期待世和基因继续深化产学研协同,持续优化结构变异、MRD、早筛等核心技术管线,以更高精度、更普惠的基因检测技术,推动肿瘤精准诊疗普及,惠及更多患者。



